על המחלוקת שקמה סביב ספר ״משנה תורה״ להרמב"ם: ההתנגדות לשם הספר ולהלכות הפסוקות בלי מקורות, השגות הראב"ד, צערו של הרמב"ם על שהשמיט את המקורות, וגדלותו שמחל על כבודו ולא השיב למתנגדיו.
הרבה מתנגדים קמו להרמב"ם לספר משנה תורה ראשית בעבור השם "משנה תורה".
וגם להלכות פסוקות בלי הזכרת תנאים ואמוראים והיה חשש שספר משנה תורה עלול למעט ולהרפות לומדי תורה שלא יתעסקו בש"ס ופוסקי'.
וכן התנגדות לספר המדע המטיל על האדם חובת ההכרה באמונה, התנגדות הראב"ד לרמב"ם שמעדיף האמונה התמימה המקובלת בעם, מאשר לחקור מה למעלה מה למטה מה לפנים ומה לאחור. טוב יותר להניח הדבר בתמימות ולא לעורר שאלות וקושיות שאין להן תשובה מספקת.
השגות הראב"ד מנוסחות בנוסח חריף ושנון כי רצה להוכיח שעם כל גדלותו של הרמב"ם אין תחליף לתלמוד.
הרמב"ם עצמו הצטער על כך בסוף ימיו שהשמיט את מקורות ההלכה וכך הרמב"ם מתאר את צערו לפני רבי פנחס ברבי משולם "בא אלי הדיין החסיד וקונטרס מן החיבור משנה תורה בידו בהלכות רוצח מספר נזיקים והראה לי ההלכה וא"ל קרא זו !
וקראתי, אמרתי לו מה קשה, א"ל מה המקור. א"ל מסכת מכות או סנהדרין בדיני רוצח א"ל חזרתי על הכל ולא מצאתי לא בירושלמי ולא בתוספתא השתוממתי כשעה. א"ל אני זוכר במקום פלוני במסכת גיטין. הוצאתי מסכת גיטין וחיפשתי ולא מצאתי תמהתי ונבהלתי, א"ל לך אני אחפש הוא יצא ואני נזכרתי שזה במסכת יבמות ושלחתי להודיעו".
הרמב"ם גילה צער על שסתם המקורות אמר אם ממני נעלם המקור מה יעשו שאר בני אדם והחליט לכתוב ספר מקורות ולא איסתייעא מילתא. ובנו ר' אברהם עשה זאת אבל לא זכינו שהספר יגיע לידינו.
התנגדות חריפה היתה לרמב"ם בבל מגאון וראש הישיבה שם ר' שמואל בן עלי אשר התאמץ בכל כוחו להחזיר עטרת הגאונים לזהרה הקודם בבל.
ולאחר שנוכח לראות שרבים מתלמידיו שומעי לקחו החלו לעיין בספרו של הרמב"ם משנה תורה לא היה יכול להשלים עפ עובדה זו שממצרים שאף פעם לא שימשה מרכז של תורה דוקא קם ר' משה בן מימון וכובש קהילות קרובות ורחוקות. ונעשה בר סמכא בענין דת ודין.
הוא יצא נגד הרמב"ם בעיקר בעניני אמונה הוא הטיל ספק באמונתו התמימה של הרמב"ם והכל כדי להנמיך את אישיותו של הרמב"ם ולהקטין השפעתו.
הרמב"ם לא הגיב על דברי השטנה האישיים מחל על כבודו ולא הביע כעס אלא ניסה לשכנע את יריבו בדרכי נועם להוכיח את צדקתו מאחר שהאיש עמד במריו ולא חזר מדעתו כותב הרמב"ם שכן דרכו עם כל אדם שאראה אותו עומד בשטותו ואינו רוצה לחזור בו, אשתוק ואניחנו ברצונו.